Sebelum menjadi paroki yang terpisah, Paroki Tambolaka merupakan salah satu stasi yang berada di bawah naungan Paroki Katedral Weetebula. Namun, seiring berkembangnya kebutuhan pastoral di daerah tersebut, Paroki Tambolaka kemudian ditingkatkan statusnya menjadi paroki sendiri pada tanggal 1 Januari 1991, terlepas dari Paroki Katedral Weetebula.
Paroki Tambolaka dipercayakan kepada Kongregasi Serikat Sabda Allah (SVD). Pastor Paroki pertama yang diutus untuk memimpin Paroki Tambolaka adalah P. Jan Djuang SVD, yang sebelumnya bertugas di Paroki Bima dan Dompu. P. Jan Djuang memimpin Paroki Tambolaka dari Januari 1991 hingga tahun 1997. Selama masa kepemimpinannya, beliau banyak terlibat dalam pengembangan kehidupan gereja di wilayah Tambolaka dan sekitarnya.
Setelah masa kepemimpinan P. Jan Djuang, Paroki Tambolaka dipimpin oleh P. Yakobus Weke SVD. P. Yakobus Weke masih hidup hingga saat ini dan saat ini berada di Ruteng, menikmati masa tuanya setelah bertahun-tahun mengabdi di bidang pastoral.
Dengan perkembangan ini, Paroki Tambolaka terus berkembang menjadi pusat kegiatan pastoral bagi umat Katolik di wilayah tersebut dan memainkan peran penting dalam kehidupan keagamaan di daerah Tambolaka.
